เนื้อหา
- ภาพรวมซอฟต์แวร์
- ประเภทไฟล์ที่รองรับ
- นามสกุลไฟล์หลัก
- นามสกุลไฟล์อื่น ๆ ที่ใช้โดย Integrated Genome Browser 9
| รุ่น (ณ วันที่ 6/29/2559) | 9 |
| แพลทฟอร์ม | |
| การอนุญาต | โอเพ่นซอร์ส |
| ประเภท | วิทยาศาสตร์ |
| ข้อมูลเพิ่มเติม (เยี่ยมชมเว็บไซต์ของผู้เผยแพร่) |
| การจัดอันดับ: 2.8 / 5 (6 โหวต) |
ภาพรวมซอฟต์แวร์
คุณสมบัติหลัก
- รองรับรูปแบบจีโนมต่างๆเช่น GenBank และ FASTA
- โต้ตอบกับข้อมูลด้วยการซูมและการแพนภาพเคลื่อนไหว
- เข้าถึงและโหลดจีโนมจากไซต์ QuickLoad
- แปลงข้อมูลเป็นรูปแบบกราฟที่หลากหลาย
- แบ่งปันข้อมูลกับผู้ทำงานร่วมกันผ่าน Dropbox
- ติดตั้งปลั๊กอินสำหรับการใช้งานเพิ่มเติม
Integrated Genome Browser (IGB) เป็นโปรแกรมโอเพ่นซอร์สที่ใช้ในการดูและสำรวจชุดข้อมูลจีโนมขนาดใหญ่ คุณสามารถดูรูปแบบข้อมูลต่าง ๆ โต้ตอบกับข้อมูลของคุณสร้างกราฟบันทึกข้อมูลของคุณเป็นรูปภาพและแบ่งปันข้อมูลกับผู้ทำงานร่วมกัน
IGB ช่วยให้คุณสามารถดูข้อมูลจากคำอธิบายประกอบและลำดับที่จัดแนวได้ โปรแกรมรองรับรูปแบบที่หลากหลายเช่น FASTA, BAM, BEDGRAPH, BigWIG, Cytoband และ GenBank คุณสามารถนำข้อมูลและแปลงเป็นรูปแบบกราฟที่หลากหลายรวมถึงกราฟที่ไม่ตรงกันสำหรับการเน้นความแตกต่างของข้อมูลและกราฟความลึกเพื่อแสดงการครอบคลุม นอกจากนี้คุณยังสามารถโต้ตอบกับข้อมูลของคุณผ่านการซูมและการแพนภาพเคลื่อนไหวของ IGB
IGB ช่วยให้คุณสามารถเข้าถึงและโหลดจีโนมจากไซต์ QuickLoad ซึ่งเป็นระบบที่ง่ายของไดเรกทอรีลำดับและไฟล์ข้อมูลอื่น ๆ เพื่อการสร้างภาพ IGB มีฟังก์ชันการทำงานขั้นสูงพร้อมการสนับสนุนปลั๊กอินเพื่อเพิ่มฟังก์ชันการทำงานและการทำงานอัตโนมัติในเวิร์กโฟลว์ผ่านการใช้สคริปต์ IGB ยังมีคุณสมบัติขั้นสูงสำหรับการแบ่งปันข้อมูลของคุณไม่ว่าจะเป็นการเผยแพร่เป็นภาพ JPEG คุณภาพสูง PNG หรือ SVG หรือจัดเก็บข้อมูลใน Dropbox เพื่อให้ผู้ทำงานร่วมกันสามารถเข้าถึงโครงการของคุณได้
IGB ถูกใช้เป็นหลักโดยนักวิจัยของมหาวิทยาลัยนักชีววิทยาและชีวสารสนเทศศาสตร์ มันมีเครื่องมือขั้นสูงสำหรับการเปิดรูปแบบข้อมูลจีโนมที่หลากหลายการแสดงข้อมูลเป็นกราฟที่แตกต่างกันและแบ่งปันข้อมูลกับผู้ทำงานร่วมกัน น่าเสียดายที่โปรแกรมนี้ใช้เงินทุนสำหรับการพัฒนาอย่างต่อเนื่องซึ่งหมายความว่าการสนับสนุนสำหรับแอปพลิเคชันสามารถหยุดได้ตลอดเวลา อย่างไรก็ตาม Integrated Genome Browser ยังคงเป็นโปรแกรมที่สามารถปรับแต่งได้สำหรับผู้ใช้ที่ต้องการสำรวจและวิเคราะห์ข้อมูลจีโนมของพวกเขา
ประเภทไฟล์ที่รองรับ
นามสกุลไฟล์หลัก
.XML - ไฟล์ XMLนามสกุลไฟล์อื่น ๆ ที่ใช้โดย Integrated Genome Browser 9
| ประเภทไฟล์ที่รองรับ | |
|---|---|
| .เตียง | ไฟล์ติดตามคำอธิบายประกอบแบบ UCSC BED |
| .DAS | เซสชันการวิเคราะห์ DeltaMaster |
| ฟ้า | รูปแบบไฟล์ลำดับ FASTA |
| .FAS | ไฟล์ลำดับ FASTA |
| .FASTA | ไฟล์ลำดับ FASTA |
| .GB | ไฟล์ข้อมูล GenBank |
| .SGR | ไฟล์ข้อมูลจีโนม SGR |
| .USEQ | ไฟล์ข้อมูล USeq Genome |
